Il existe seize couleurs de robe chez le berger Australien.

Les quatre robes les plus vues sont :

• Noir Tricolore (robe noire avec panachures blanches et feu)
• Bleu merle (gêne de "merling", qui dissout une partie de la couleur noire et qui donne une impression de tacheté argentée ; par chien bleu merle on entend en réalité avec blanc et feu
• Rouge Tricolore (robe rouge (marron en terme profane), plus ou moins soutenue, avec panachures blanches et feu.
• Rouge merle (gêne de "merling", qui dissout une partie de la couleur rouge, c'est-à-dire marron) et qui donne une impression de tacheté rosé ; par chien rouge merle on entend en réalité avec blanc et feu.

En plus de ces coloris qui représente 99 % des robes en France, il existe également des robes particulières et rares ; elles sont appelées bicolore .

• 4 robes identiques aux précédentes SANS blanc
• 4 robes identiques aux précédentes SANS feu

Et encore :

• 4 robes identiques aux précédentes SANS blanc NI feu (ex-le noir seul est appelé zain ou le rouge seul est appelé marron).

L'accouplement de deux parents "merles" (qu'ils soient rouge merle ou bleu merle) a pour potentialité la naissance de chiots avec de graves soucis de santé ; c'est-à-dire cécité et/ou surdité. En effet le gène "merle" est dominant et létal à l'état homozygote. Ce mariage est déconseillé par le club de race officiel de la SCC.

L'accouplement doit être précédé de contrôle des parents : Au minimum, tests oculaires et radiologiques de la dysplasie de la hanche. La race est peu touchée par ces affections et le restera pour peu que les éleveurs occasionnels ou professionnels continuent ces tests et écartent de la reproduction les sujets atteints.

Précision sur le "Double merle"

Il arrive que certains chiots naissent « double merles », ou merles homozygotes, lorsque l’éleveur réalise un mariage merle x merle, et que les petits héritent du gène merle (le gène merle est dominant) de chacun de leurs parents.

En général la couleur dominante des chiens double merle est le blanc, et ils sont susceptibles de développer des troubles de la vision et de l’audition, du fait de la présence de deux copies du gène merle.

Les merles homozygotes peuvent naître sourds, aveugles, développer un colobome irien ou une microphtalmie. Les merles homozygotes ne sont pas tous sujets à ce genre de problèmes, mais la plupart n’y échappent pas, ce qui rend le sujet du mariage merle x merle très délicat.

Les éleveurs choisissent soit d’euthanasier les chiots présentant un blanc envahissant, soit, dans le cas d’éleveurs peu compétents, de les vendre comme des aussies « rares », sans prendre la peine de prévenir le client des risques éventuels que cela implique au niveau de la santé de l’animal. Une grande partie des chiens vendus ainsi finissent dans des refuges, au vu du peu de préparation de la famille face à la charge que représente un animal sourd et/ou aveugle. Cependant, ces chiens peuvent faire de formidables chiens de famille lorsqu’ils sont confiés à des maîtres prêts à prendre en charge leurs besoins si particuliers. Le terme « lethal white » est utilisé à tort lorsque l’on fait référence aux bergers australiens nés double merles : il s’agit en réalité d’un terme propre au syndrome du blanc létal qui touche les chevaux.

Il est interdit pour un éleveur de réaliser un mariage "merle x merle "synonyme de tares évoquées plus haut.